Setelah menyaksikan kematian ibunya di usia muda, Uryuu Kamihate tumbuh dengan kekecewaan terhadap para dewa, menganggap kepercayaan kepada mereka sebagai omong kosong belaka. Karena keyakinannya, ia bercita-cita menjadi dokter, menghabiskan sebagian besar waktunya belajar untuk masuk ke Universitas Kyoto yang bergengsi.
Untuk melanjutkan studinya, Uryuu mencari tempat baru untuk menampungnya dan menjauh dari lingkungan panti asuhan yang bising tempat ia dibesarkan. Chidori Amagami, kepala pendeta Kuil Amagami, mengizinkannya tinggal di kediaman Amagami. Namun, Uryuu harus tinggal di sana bersama tiga cucu perempuan Chidori—Yae, Yuna, dan Asahi—yang bertugas sebagai gadis kuil. Selain itu, Chidori memiliki syarat lain untuk Uryuu: ia harus menikahi salah satu saudari untuk memastikan masa depan kuil dan suatu hari mewarisinya. Namun dengan tujuan dan pandangan Uryuu yang secara alami berbenturan dengan keyakinan para saudari, cobaan yang sudah menakutkan ini tampaknya mustahil.
