Meskipun tumbuh sebagai yatim piatu, Nio Chirinu menemukan tempat untuk tinggal: menjadi pelayan di restoran milik nenek angkatnya. Namun kedamaian ini tidak berlangsung lama; Nio dan saudara perempuannya, Iroha, digunakan sebagai umpan untuk menangkap penculik anak oleh Toshizou Hijikata dan Souji Okita—dua anggota kelompok ronin terkenal bernama Miburo. Setelah kejadian itu, Toshizou mengusulkan agar Nio bergabung dengan barisan Miburo dan melindungi penduduk Kyoto.
Frustrasi dengan kelemahannya sendiri, Nio berlatih untuk menyamai keterampilan pedang rekan-rekan barunya. Meski begitu, ia berjuang untuk diterima oleh Tarou Tanaka dan Hajime Saitou, anggota Miburo lain seusianya. Bertekad untuk berteman dengan mereka, Nio harus menemukan rasa keadilannya sendiri dan menjadi cukup kuat untuk menang melawan semua musuhnya.
