Setelah serangkaian serangan yang membuat guru dan siswa sama-sama kehilangan sihir mereka, kepala sekolah Liza Quillyn memutuskan untuk menutup Sekolah, sehingga tidak mungkin untuk masuk atau meninggalkan tempat tersebut. Akibatnya, Philomela Sargant tidak dapat mematuhi perintah neneknya Lizbeth untuk keluar dari sekolah.
Terjebak di dalam Sekolah, Chise Hatori dan teman-teman sekelasnya mulai menyesuaikan diri dengan keadaan mereka yang baru dan penuh tekanan. Namun seiring berjalannya waktu, kondisi Philomela semakin memburuk—baik secara mental maupun fisik. Sementara itu, detail tentang masa lalu tragis teman sekamar Chise, Lucy Webster, terus muncul kembali. Saat Chise bergulat dengan kekhawatiran tentang teman-temannya dan dengan dirinya yang terus berkembang, identitas pelaku misterius yang menguras sihir yang mengganggu Sekolah mungkin akhirnya terungkap.
