Setelah menjalani hari-hari yang damai di dojo Kamiya, Kenshin Himura menemukan dirinya di persimpangan jalan yang krusial, karena sumpahnya untuk tidak pernah mengakhiri hidup seseorang diuji.
Setelah mantan komandannya terbunuh, ia kini harus menapaki jalan kekerasan dan darah untuk mengalahkan Makoto Shishio—pembunuh ajaib yang menyebut dirinya penerus Battousai yang terkenal kejam. Dengan ambisi untuk menggulingkan pemerintahan Meiji dan membangun kekuasaannya di Kyoto, Shishio telah merencanakan dengan cermat selama satu dekade, membangun kekuatan militer antipemerintah yang tangguh. Sekarang, Shishio telah mengalihkan pandangannya untuk merekrut Aoshi Shinomori, seorang pembunuh berdarah dingin dan mantan pemimpin prajurit legendaris Grup Oniwaban.
Saat Kenshin melakukan perjalanan melalui sebuah desa yang ditinggalkan oleh pemerintah dan saat ini berada di bawah tangan besi antek-antek Shishio, ia bertekad untuk mencegah negara tersebut kembali terjerumus ke dalam perang saudara. Dia bersekutu dengan mantan rivalnya, Hajime Saitou, menjalin kemitraan yang rapuh dalam pertempuran melawan kekaisaran Shishio yang akan menentukan nasib Jepang.
